Vnitřní kontrola
Kontrolní systém Bezpečnostní informační služby stojí na třech základních pilířích. Prvním je konkrétní, jasně stanovená odpovědnost řídících pracovníků. Druhým je pověření garančních útvarů provádět nezávislou, pravidelnou kontrolu určených oblastí. Třetí pilíř představuje decentralizace zpravodajského výkonu mezi více vzájemně nezávislých subjektů. Zejména zmíněná decentralizace, která se týká informačního toku a práce s daty, včetně jejich archivování, má zamezit případnému zneužití operativních nástrojů. Vlastní kontrola se mj. soustřeďuje na oprávněnost zpravodajských úkonů a dodržování vnitřních předpisů, na čerpání peněz a na používání materiálně-technických prostředků.
Mechanismus vnitřní kontroly a dohledu je koncipován jako dynamický systém, který se aktualizuje a optimalizuje podle vývoje vnitřního a vnějšího prostředí. Cílem přitom není jen pouhé zjišťování chyb a nedostatků, ale i jejich prevence.
Inspekce
Inspekce, která je přímo podřízena řediteli BIS, se věnuje širokému spektru činnosti Služby. Především je však zaměřena na odhalování a vyšetřování přestupků a trestných činů příslušníků BIS a v tomto smyslu má oprávnění fungovat jako policejní orgán.
Odbor vnitřní bezpečnosti
Úkolem Odboru vnitřní bezpečnosti je chránit Bezpečnostní informační službu před aktivitami a jevy, které by mohly ohrozit její vnitřní bezpečnost. A v tomto kontextu provádí i svoji kontrolní činnost.